航天科工集团公司始终把自主创新作为发展的战略基点，强化原始创新、集成创新和在引进先进技术基础上的消化吸收再创新，大力推进以各院、基地、直属单位、公司为主体，需求牵引、牵引需求互动，融技术创新、管理创新、制度创新于一体的科技创新体系建设。科技创新体系渐臻完善，科技创新成果丰硕；科技创新平台不断夯实，科技创新能力提升；科技创新人才脱颖而出，创新文化浓郁。集团公司成为国家第二批创新型企业，荣获国资委 “科技创新特别奖”，成为中央企业第一家“质量管理创新基地”。在中国企业评价协会组织的“2008'中国企业自主创新TOP100”评价中,航天科工集团公司创新指数最高（9.75），荣获了唯一的“中国企业自主创新研发创造特别奖”和“中国企业自主创新组织管理奖”，许达哲总经理当选“2008年度中国企业自主创新TOP100自主创新十大人物”。在创新中国企业联盟组织的“中国最具创新力企业”评选活动中，集团公司荣获“2009中国最具创新力企业”，排名第一，许达哲总经理当选“2009中国企业最具创新力十大领军人物”。 集团公司所属中国三江航天集团公司技术中心和中国江南航天集团技术中心通过国家发改委、科技部、财政部、税务总局、海关总署等五部委评估，获得“国家级企业中心成就奖”。
发展战略
遵循“自力更生、艰苦奋斗、大力协同、无私奉献、严谨务实、勇攀高峰”的航天精神和“探索一代、预研一代、研制一代、生产一代”的协调发展原则，集团公司注重科技创新发展战略研究和规划的制定。去年，集团公司成立了科技创新、预先研究、基础科研等60个发展战略论证组，初步完成了2030年前发展战略研究和“十二五”规划的编制，描绘了集团公司未来发展的宏伟蓝图。
规章制度
集团公司制定了《中国航天科工集团公司自主创新工作管理办法》、《中国航天科工集团公司自主创新经费管理办法》、《中国航天科工集团公司科技创新突出贡献奖评选办法》、 《中国航天科工集团公司科技创新团队建设管理办法》等法规文件，科技创新规章制度渐趋完善。这些制度的建立，保证了集团公司科技创新工作的科学化、规范化、制度化和程序化。
投入机制
集团公司总部及所属各单位建立了推动创新发展的自主投入机制，实行了创新回报与再发展制度。目前，集团公司研发经费投入占营业收入比重已超过10%，新产品销售收入占全部销售收入比重超过30%。
平台建设
集团公司拥有国防科技重点实验室6个、国家工程中心2个、国家级企业技术中心14个、省市级企业技术中心23个和高新技术产业园区若干个。集团公司大力推进产学研工作，与国内有关单位联合成立研发机构30多个，新组建了若干个新的科研机构和研发中心，拓展和提升了核心专业的研发能力。
人才培养
“十一五”期间，集团公司各单位建立了一批符合专业发展方向的创新团队，今后两年，还将重点建设30支科技创新团队，加快培养、造就一批具有世界眼光和有重要影响的创新管理人才、“两总”队伍及学术技术带头人。截至2009年，集团公司拥有4支国防科技创新团队，20支集团公司级科技创新团队。
创新文化
集团公司各级组织开展了大量创新、创效活动，为广大科技人员激发创新热情和创造活力、增强创新动力创造了良好的条件。集团公司设立了自主创新基金，鼓励广大科技人员尤其是青年科技人员积极开展探索新思想、新概念、新原理、新方法的科学研究活动。集团公司切实贯彻“尊重劳动、尊重知识、尊重人才、尊重创造”的创新价值观，营造“敢于创新、勇于竞争、诚信合作、宽容失败”的创新氛围，培育“勤于思考、大胆实践、敢于超越、不懈探索、奋力攀登、无私奉献、团结协作”的创新文化。
优秀项目
按照集团公司制定下发的有关自主创新工作管理办法和经费管理办法，各单位积极开展集团公司自主创新项目的论证工作，落实经费投入，强化自主创新工作的管理。近年来，集团公司重点支持对本单位长远发展具有重要战略意义的重大项目的研发，以及国家确定的重大项目的先期论证和前期投入、总体与核心专业的建设、重大新概念项目的探索活动和重大基础创新项目，已有52个重大自主创新项目、184个重要自主创新项目和32个基金项目获得集团公司立项，集团公司对这些项目投入了逾20亿元。
集团公司充足的资金投入和政策倾斜极大地加快了科技创新工作的开展。目前，集团公司共获得国家科技进步奖24项，其中特等奖1项，一等奖8项，二等奖15项，特别是2007年由集团公司负责研制的某重大工程项目获得当年唯一的国家科技进步特等奖，影响重大、意义深远；获国防科学技术奖655项，其中特等奖4项，一等奖59项，二等奖201项，三等奖391项，原国防科工委2004年设立特等奖以来，集团公司获特等奖数量名列各军工集团之首。
集团公司在科技创新的过程中，不仅掌握了一大批核心技术，较大地提升了我国系统工程的总体及各项关键技术的水平，而且，通过大力发展军民结合、寓军于民，走军民融合式发展道路，建立成果转化机制，推动成果转化，在军民结合及民用产业领域也取得了很大的成果，为集团公司创造了非常大的经济和社会效益。民品项目中，奥运安保项目以优异的性能完成了2008年北京奥运会的91个奥运场馆安保任务；珠峰火炬项目运用了多项世界首创的技术，实现了奥运圣火登上珠峰的历史壮举，已获得国家授予的发明专利4项，实用新型专利12项；061基地苏州公司、二院长峰医疗器械公司、云南航天总公司、一院世纪卫星通信公司等研制和生产的应对重大突发事件的应急支援保障装备，在抗震救灾等突发事件中发挥了十分重要的作用；九院万山公司研制生产的重型平板运输车，不但替代了进口产品，而且实现了出口，今年已签订销售合同2亿元。
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